修士課程、博士課程におけるSUIJI-JP共同教育プログラムは、SUIJIコンソーシアムを構成する各大学と愛媛大学連合農学研究科が定めるプログラム・ガイドラインに記された科目により構成されています。SUIJI-JP履修学生は、受入大学で修得した共同教育プログラムの単位を在籍大学に持ち帰り、履修科目として単位認定を受けます。

修士課程においては、平成24年度からSUIJIジョイント・ディグリー・プログラム・マスター（SUIJI-JDP-Ms）として本格実施しています。SUIJIコンソーシアムの申し合わせに沿って、6大学ごとにSUIJI-JP-Msガイドラインを策定しました。ガイドラインには、認定単位あたりの授業時間数、開講法形式、講義内容について定め、単位の相互認定の方法についても明記し、各大学の成績管理を実施する会議で単位の認定を行うしくみを確立しています。

SUIJI-JDP履修学生は、原則として、入学後の半年から1年間を在籍大学での履修に、次の半年から1年間を受入大学での履修（共同教育プログラムを含む）に、そして残りの期間を在籍大学での履修にそれぞれあてます。学生の派遣・受入れにあたっては、日本の大学とインドネシアの大学のアカデミック・カレンダーに配慮し、修士課程、博士課程それぞれについて、 SUIJIコンソーシアムで合意した派遣・受入れスケジュールを定めています。

参加学生は、留学意志と研究計画が明確であり、一定の成績基準と語学基準を満たしていることを条件として選抜します。学生向けのガイダンスでは、インドネシアの現地事情、危機管理体制、予防接種、ビザ取得手続き等に関する情報を周知し、英語力向上のためのサポートと合わせてインドネシア語の基礎会話講習（日本からの派遣学生向け）を行います。

参加学生は、6大学の受入れ指導教員の氏名と専門分野が記された「受入れ指導教員リスト」を参考に受入れ希望教員を指名し、各大学のSUIJI推進室が参加学生と受入れ指導教員のマッチングをコーディネートします。6大学のSUIJI推進室は、マッチング結果の承認を行ったあと、受入れ・派遣に必要な各種事務手続きを共同で行います。

SUIJI-JP-Ms派遣スケジュール

4月：プログラム学生の募集・ガイダンス → 5月：学生の選考（日本3大学内の調整含む）→ 6月：インドネシア側大学への受入れ指導教員とのマッチング・選考依頼 → 7月：プログラム学生への選考結果周知・派遣準備 → 8月中旬：派遣・プログラムの開始→半年から1年インドネシア側大学に滞在

※　インドネシア側大学修士課程の学期は8月下旬〜12月下旬、2月〜6月 の2学期制

SUIJI-JP-Ms受入れスケジュール

9月：プログラム学生の募集・ガイダンス → 10月：学生の選考 → 11月：日本側大学への受入れ指導教員とのマッチング・選考依頼 →12月：プログラム学生への選考結果周知・派遣準備 → 3月中旬：受入れ・プログラムの開始→半年から1年日本側大学に滞在

SUIJI-JP-Dc派遣スケジュール

4月/9月：プログラム学生の募集・ガイダンス → 7月/1月：学生の選考（日本3大学内の調整含む）→ 8月/2月：インドネシア側大学への受入れ指導教員とのマッチング・選考依頼 → 9月/3月：プログラム学生への選考結果周知・派遣準備 → 1月/8月：派遣・プログラムの開始→1年インドネシア側大学に滞在

SUIJI-JP-Dc受入れスケジュール

9月：プログラム学生の募集・ガイダンス → 4月：学生の選考 → 5月：日本側大学への受入れ指導教員とのマッチング・選考依頼 →6月：プログラム学生への選考結果周知・派遣準備 → 9月：受入れ・プログラムの開始→1年日本側大学に滞在

当時日本では、文部科学省中央教育審議会の中に平成20年9月に設置された第5期・大学分科会において、大学教育の質保証・向上の観点から、我が国の大学と外国の大学間におけるダブル・ディグリー等につながるプログラムのあり方について検討が開始され、平成22年5月に「我が国の大学と外国の大学間におけるダブル・ディグリー等、組織的・継続的な教育連携関係の構築に関するガイドライン」公表され、日本の大学と外国の大学間の組織的・継続的な教育連携関係を促進する機運が高まっていました（文部科学省中央教育審議会大学分科会大学教育の検討に関する作業部会大学グローバル化検討ワーキンググループ、平成22年5月）。当該ガイドラインでは、ジョイント・ディグリー・プログラムについて、「我が国と外国の大学が、教育課程を共同で編成・実施し、単位互換を活用することにより、双方の大学がそれぞれ学位を授与するプログラム」と定義しています。平成21年時点で、国内93大学においてダブル・ディグリーについては302の協定が締結されていた一方で、ジョイント・ディグリーについてはわずか5協定しか締結されていませんでした（文部科学省高等教育局（2011年）：大学における教育内容等の改革状況について(平成21年度)、大学資料（192）、P.30-77）。

SUIJIコンソーシアムでは、当時国内ではまだ数少ないジョイント・ディグリー・プログラムが、コンソーシアム協定大学間の強固な連携のもとで展開する事業として最適な形態であると判断しました。平成23年9月に修士課程学生を対象としたSUIJIジョイント・ディグリー・プログラム・マスター（SUIJI-JDP-Ms）に関する覚書を締結し、平成26年9月には博士課程学生を対象としたSUIJIジョイント・ディグリー・プログラム・ドクター（SUIJI-JDP-Dc）に関する覚書を締結し、修士課程から博士課程に至るまでの多層的な大学院共同教育プログラムを構築するに至りました。SUIJIジョイント・ディグリー・プログラム（SUIJI-JDP）は、SUIJIコンソーシアム構成大学の大学院修士、博士課程に在籍するSUIJI-JP履修学生が、受入大学で実施される共同教育プログラムの単位を修得したうえで、在籍大学が定めた修了要件を満たし、在籍大学と受入大学の共同による研究指導の下で修士論文を作成することにより、大学院修士課程、博士課程のSUIJI-JDPの修了をSUIJIコンソーシアムが認定するプログラムとして定め、SUIJIコンソーシアムの事業として開始しました。

文部科学省中央教育審議会大学分科会は、平成23年度から引き続きジョイント・ディグリー（JD）のあり方について検討を進め、平成26年11月に「我が国の大学と外国の大学間におけるジョイント・ディグリー及びダブル・ディグリー等国際共同学位プログラム構築に関するガイドライン」を定めました。同時に、文部科学省は大学設置基準等の一部を改正する省令等の施行について（通知）（平成26 年11 月14 日付け26 文科高621号）等において、JDであって一定条件をクリアしたものについては、我が国の大学が授与する学位記に連携する外国の大学が連名することができる旨の運用上の取扱いの変更を示すことにより、両者の連名の形式での学位授与を公的に認めることとなりました。この文部科学省JD制度では、連携大学間で協定を締結することを必須とし、大学に国際連携教育課程（国際連携教育課程制度に基づき我が国の大学と外国の大学が共同で編成する教育課程）を実施するための国際連携学科・専攻の設置を義務づけています。さらに、本JD制度では、大学院卒業要件の最低修得単位数30以上のうち、15単位以上を日本で、10単位以上を各連携外国大学（単位互換）で、5単位以下を共同開設科目（単位互換の半分）でカリキュラムを構成することと定めています。

SUIJIコンソーシアムでは、文部科学省によるJD制度の設置を受けて、名称上の混乱を回避するため、平成28年度9月に、SUIJI-JDP-Msの覚書の更新と合わせて、修士課程、博士課程双方のプログラム名称をSUIJI-JP（SUIJIジョイント・プログラム）と改めました。